Rui Barreiro é quadro do Ministério da Agricultura e ao mesmo tempo é sócio de uma empresa de projectos e consultoria que elabora candidaturas de agricultores e empresas agrícolas a apoios de fundos comunitários que são geridos pelo próprio ministério. Barreiro, que é inspector na Inspecção-geral da Agricultura, do Mar, do Ambiente e do Ordenamento do Território e foi secretário de Estado das florestas no anterior Governo socialista de José Sócrates, não quis prestar declarações, quando questionado se esta situação não é incompatível, nem dar qualquer outro esclarecimento. Quando foi nomeado secretário de Estado, o militante socialista em Santarém era sócio da empresa que na altura tinha sede em Amora, Seixal. Em Outubro de 2011 é registada uma alteração da sede e do contrato de sociedade, passando a empresa a ter sede em casa de Rui Barreiro, em Santarém, e entrando como sócio o ex-director regional de Agricultura e Pescas do Centro, Rui Moreira, que exerceu funções na altura em que Barreiro estava no Governo. Ambos têm a gerência da empresa segundo o registo do Ministério da Justiça.Em 2012 entraram várias candidaturas de jovens agricultores da zona Oeste ao programa Proder - Programa de Desenvolvimento Rural em que aparece como entidade consultora a empresa ABM - Afonso Barreiro e Melo, Lda. que pertence a Rui Barreiro. Estes projectos acabam por ser avaliados por colegas do ex-governante e quadro do Ministério da Agricultura.Rui Barreiro, recorde-se, foi o responsável, já no final das suas funções como secretário de Estado, pelo aluguer por quatro mil euros mensais das instalações ao Centro Nacional de Exposições e Mercados Agrícolas (CNEMA), em Santarém, para acomodar os serviços florestais e de veterinária que funcionavam num edifício arrendado no centro histórico da cidade. O que constitui uma importante ajuda em termos de tesouraria para uma entidade que se tem confrontado ao longo dos anos com algumas dificuldades financeiras. Barreiro tinha feito parte do conselho de administração do CNEMA quando foi presidente da Câmara de Santarém. Esteve também envolvido na mesma altura no processo para a transferência de serviços da Direcção Regional de Agricultura para instalações da Estação Zootécnica no Vale de Santarém, que receberam obras feitas por uma empresa de um autarca do mesmo partido do ex-secretário de Estado das Florestas.