O telhado da igreja de Alfange é diferente por ser feito em chapas escurecidas pelo tempo, mas quem roubou parte da cobertura do templo percebeu que aquelas chapas não são umas chapas vulgares. As placas contêm cobre, metal valioso para os ladrões porque rende bastante e consegue-se vender no mercado negro sem deixar rasto. Ainda não se sabe como é que os ladrões tiveram engenho e tempo para levar as telhas, mas terá sido pela calada da madrugada quando o pequeno aglomerado populacional na periferia de Santarém, junto ao Tejo, estava a dormir.
O telhado tinha sido colocado de novo em 2006 numa intervenção financiada na totalidade pela Direção Geral do Património Cultural. O vigário geral da diocese, Padre Aníbal Vieira, supõe que no local onde foi feito o assalto, numa construção anexa ao templo principal, é fácil encostar uma camioneta e subir ao telhado, o que terá facilitado o roubo e o carregamento das placas. Aníbal Vieira diz a O MIRANTE que ninguém no local deu pela situação, até porque a igreja não tem casas contíguas.
Para se evitarem infiltrações a Câmara de Santarém colocou provisoriamente uns plásticos, mas ainda não se sabe como é que se vai resolver a questão da colocação do telhado tendo em conta os custos. As chapas do telhado da igreja são do mesmo género das da Sé de Bragança. Há a hipótese de se colocar um outro material, o que terá de ser estudado e aprovado pelas entidades que gerem o património histórico e cultural. De qualquer das formas tem de se ter em conta que o material a usar não pode desvalorizar o monumento.
A diocese de Santarém apresentou queixa contra desconhecidos na PSP, que está a investigar o caso e a tentar encontrar a identidade dos ladrões. A igreja de São João Evangelista de Alfange é um dos monumentos que faz parte do conjunto histórico da cidade de Santarém e há algum tempo que apenas abre para algumas actividades religiosas não tendo missas regulares. O vigário geral lamenta que não se tenha respeito pelos património e pela igreja mantendo fé que a PSP venha a encontrar os ladrões.