A localização do novo aeroporto no Campo de Tiro de Alcochete, defendida no estudo da CIP, implica alteração da rede de alta velocidade, cuja passagem passará a ser efectuada pela margem esquerda do Tejo, e a construção de uma estação em Santarém.O estudo da Confederação da Indústria Portuguesa (CIP), que aponta Alcochete como a melhor localização para o novo aeroporto, sustenta que o "actual traçado da linha de alta velocidade deve ser revisto".Deste modo, a equipa de especialistas da TIS (Transportes, Inovação e Sistemas), encarregue de estudar as acessibilidades à nova infra-estrutura, propõe o redesenho da rede de alta velocidade através da criação de um troço comum nas ligações ao Porto, Madrid e Algarve, com partida da estação de alta velocidade de Lisboa (que será construída na Gare do Oriente ou em Chelas).A partir desta estação central, os comboios seguem numa linha comum até ao aeroporto, que será "o nó principal" da distribuição de passageiros, uma opção que, para os autores do estudo "evita o transbordo para passageiros vindos de regiões a norte e tem a vantagem de poupar entre seis a dez minutos para os passageiros destinados a Lisboa"."O aeroporto deve ser um nó principal da mais alta hierarquia na rede nacional de alta velocidade, inserido na Linha Lisboa-Madrid e com um excelente nível de ligação não só a Lisboa mas também às estações do corredor Atlântico a caminho do Porto e Galiza", lê-se no documento.O proposta do novo aeroporto ser servido "directamente pela rede de alta velocidade" contraria a proposta do Governo que prevê uma ligação à nova infra-esrutura aeroportuária através de um ramal de acesso e a posição da secretária de Estado dos Transportes, Ana Paula Vitorino, que tem defendido que "a linha de alta velocidade serve para ligar capitais europeias e não aeroportos".Da estação do novo aeroporto, a linha de alta velocidade divide-se em três, seguindo os comboios com destino ao Porto, Madrid e ao Algarve. No estudo, a equipa coordenada pelo professor universitário José Manuel Viegas defende que "o atravessamento do [rio] Tejo deve efectuar-se nas proximidades de Santarém, com a construção de uma estação servindo aquela cidade".Com a construção desta nova estação, que permitirá "uma muito melhor cobertura territorial pelos serviços de alta velocidade", a linha Lisboa-Porto passa a ter as estações separadas por uma distância de 70 quilómetros (Lisboa, Santarém, Leiria, Coimbra, Aveiro e Porto) e deixa de existir a estação da Ota, prevista no plano do Governo.