Começou a trabalhar numa firma de produtos alimentares e esse foi o seu único emprego até aos 43 anos. Nessa altura, em 2000, Manuel Gonçalves viu-se na situação de desempregado porque a secção fechou. Três anos depois foi reintegrado no mercado de trabalho mercê do curso de Operador de Estações de Águas Residuais, que tirou no Centro de Formação de Tomar.