Eleito Bastonário da Ordem dos Médicos em Fevereiro de 2023 Carlos Cortes assumiu como lema do seu mandato a defesa de uma Ordem dos Médicos mais unida pela saúde e mais modernizada e tem trabalhado para unir os médicos numa postura de transversalidade e construir as pontes necessárias com a sociedade civil, desde associações de doentes, sociedades científicas, governo e autarquias e com as demais ordens profissionais da saúde. Director do Serviço de Patologia Clínica do Centro Hospitalar do Médio Tejo trabalhou sempre no SNS que considera dever ser o pilar do sistema de saúde em Portugal mas defende que o essencial é que as pessoas tenham acesso a cuidados de saúde com qualidade e humanizados em qualquer dos sectores da saúde. Solidário com os sindicatos na defesa das condições de trabalho dos médicos, sublinha que, enquanto Bastonário, a sua grande prioridade é a qualidade da medicina. Incomoda-o que exista actualmente uma espécie de banalização do sofrimento.